Patru ani mai târziu, stilul Lynch a fost adus pe micul ecran cu „Twin Peaks”. Cu McLachlan în rolul excentricului agent FBI Dale Cooper, serialul a folosit investigaţia crimei reginei balului de absolvire, Laura Palmer, ca o trambulină într-un vortex narativ care implica intrigi sexuale, dependenţă de droguri, prostituţie, nebunie şi posesie demonică. Telespectatorii au urmărit misterul şi au rămas pentru personajele complex interconectate ale serialului şi pentru răsturnările de situaţie perverse, uneori supranaturale.
Primul sezon al serialului a obţinut 14 nominalizări la premiile Emmy, inclusiv pentru Lynch pentru scrierea şi regia episodului pilot, însă scăderea audienţei după dezvăluirea lungă a ucigaşului lui Palmer şi participarea tot mai redusă a lui Lynch din cauza producţiei unui nou lungmetraj au dus la o încheiere dificilă la sfârşitul sezonului doi.